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Codontransformer

adibvafaによって開発
コドン最適化の究極ツールで、タンパク質配列を対象生物種に最適化されたDNA配列に変換できます。
ダウンロード数 1,327
リリース時間 : 5/24/2024

モデル概要

コドン変換ツールはTransformerアーキテクチャに基づくツールで、コドン最適化専用に設計されており、タンパク質配列を特定の生物種に最適化されたDNA配列に変換します。遺伝子工学、合成生物学、バイオインフォマティクスの研究や応用に適しています。

モデル特徴

多種生物対応
大腸菌など、さまざまな対象生物種に対するコドン最適化をサポートします。
Transformerアーキテクチャ
先進的なBigBirdForMaskedLMモデルを採用し、高品質なコドン予測を提供します。
ユーザーフレンドリーなインターフェース
JupyterノートブックとGoogle Colabデモを提供し、使用プロセスを簡素化します。
確定性出力
確定性モードをサポートし、結果の再現性を保証します。

モデル能力

タンパク質からDNA配列への変換
多種生物コドン最適化
生物学的配列予測

使用事例

遺伝子工学
組換えタンパク質発現最適化
宿主生物体内での標的タンパク質の発現配列を最適化
タンパク質発現効率と収量の向上
合成生物学
人工遺伝子設計
合成生物学アプリケーション向けに最適化されたDNA配列を設計
標的宿主における遺伝子の機能と安定性の向上
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