🚀 SPIDER-Thorax Model
SPIDER-thoraxモデルは、特に胸部のパッチレベルの病理分類のために訓練された深層学習モデルです。SPIDERデータセットイニシアチブの一部で、専門家による注釈付きのラベルを持つ大規模で高品質な多臓器病理データセットを提供します。
🚀 クイックスタート
モデルは 1120×1120 のパッチで動作します。以下のコードスニペットを使用して、モデルをロードして使用します。
from transformers import AutoModel, AutoProcessor
from PIL import Image
model = AutoModel.from_pretrained("histai/SPIDER-thorax-model", trust_remote_code=True)
processor = AutoProcessor.from_pretrained("histai/SPIDER-thorax-model", trust_remote_code=True)
image = Image.open("path_to_image.png")
inputs = processor(images=image, return_tensors="pt")
outputs = model(**inputs)
print(outputs.predicted_class_names)
✨ 主な機能
SPIDER-thoraxモデルは、胸部のパッチレベルの病理分類に特化しており、SPIDERデータセットを使用して訓練されています。高精度な分類結果を提供し、研究用途に最適です。
📦 インストール
このモデルは transformers
ライブラリを使用してロードできます。上記のコードスニペットを参照してください。
📚 ドキュメント
モデルの説明
SPIDER-thoraxモデルは、パッチレベルの病理分類、特に胸部の分類のために訓練された深層学習モデルです。SPIDERデータセットイニシアチブの一部で、専門家による注釈付きのラベルを持つ大規模で高品質な多臓器病理データセットを提供します。
もしSPIDERデータやモデルのサポート、スポンサーシップ、または商用ライセンスを取得したい場合は、models@hist.aiまでご連絡ください。
モデルのソース
訓練データ
このモデルは、SPIDER-thorax データセット(SPIDERデータセットのサブセット)で訓練されています。データセットには以下のクラスが含まれています。
クラス |
中央パッチ数 |
肺胞 (Alveoli) |
6652 |
気管支軟骨 (Bronchial cartilage) |
5685 |
気管支腺 (Bronchial glands) |
4412 |
慢性炎症 + 線維症 (Chronic inflammation + fibrosis) |
6070 |
デトリタス (Detritus) |
5146 |
線維症 (Fibrosis) |
6494 |
出血 (Hemorrhage) |
5247 |
リンパ節 (Lymph node) |
6088 |
色素 (Pigment) |
5177 |
胸膜 (Pleura) |
4560 |
非小細胞癌 (Tumor non-small cell) |
6445 |
小細胞癌 (Tumor small cell) |
5061 |
軟部腫瘍 (Tumor soft) |
5894 |
血管 (Vessel) |
5376 |
合計数:
- 78,307 個の中央パッチ
- 599,459 個の総パッチ(コンテキストパッチを含む)
- 411 枚の総スライドが注釈付けに使用されました。
結果
臓器 |
正解率 (Accuracy) |
適合率 (Precision) |
F1スコア (F1 Score) |
胸部 (Thorax) |
0.962 |
0.958 |
0.960 |
📄 ライセンス
このモデルは CC BY-NC 4.0 ライセンスの下にあり、研究用途のみ で使用できます。
引用
このモデルを使用する場合は、以下を引用してください。
@misc{nechaev2025spidercomprehensivemultiorgansupervised,
title={SPIDER: A Comprehensive Multi-Organ Supervised Pathology Dataset and Baseline Models},
author={Dmitry Nechaev and Alexey Pchelnikov and Ekaterina Ivanova},
year={2025},
eprint={2503.02876},
archivePrefix={arXiv},
primaryClass={eess.IV},
url={https://arxiv.org/abs/2503.02876},
}
その他の情報
他のモデルやSPIDERデータセットを探索するには、Hugging Face HistAIページ または GitHub を訪問してください。
連絡先
- 著者: Dmitry Nechaev, Alexey Pchelnikov, Ekaterina Ivanova
- メール: dmitry@hist.ai, alex@hist.ai, kate@hist.ai