🚀 PULASki_ProbUNet2D_FID_VSeg
在医学成像领域,许多基于监督学习的分割方法面临着诸多挑战,例如多位专家标注的高度差异性、标注数据的匮乏以及数据集的类别不平衡等问题。这些问题可能导致分割结果缺乏临床分析所需的精度,并且在没有相关不确定性量化的情况下,可能会产生过度自信的误导性结果。
我们提出了PULASki,它是一种计算高效的生物医学图像分割生成工具,即使在小数据集上也能准确捕捉专家标注的变异性。我们的方法在条件变分自编码器结构(概率UNet)中使用了基于统计距离的改进损失函数,与标准交叉熵相比,尤其在类别不平衡问题中,它能更好地提升条件解码器的学习效果。
🚀 快速开始
本项目旨在解决医学成像分割中的难题,通过提出PULASki这一创新工具,为生物医学图像分割提供更高效、准确的解决方案。
✨ 主要特性
- 在医学成像领域,有效应对多位专家标注差异大、标注数据少和类别不平衡等问题。
- 作为计算高效的生成工具,能在小数据集中准确捕捉专家标注的变异性。
- 使用基于统计距离的改进损失函数,在类别不平衡问题中提升条件解码器的学习效果。
📚 详细文档
模型详情
该模型在论文 PULASki: Learning inter-rater variability using statistical distances to improve probabilistic segmentation 中被提出,作者包括Soumick Chatterjee、Franziska Gaidzik、Alessandro Sciarra、Hendrik Mattern、Gábor Janiga、Oliver Speck、Andreas Nürnberger、Sahani Pathiraja。
模型描述
属性 |
详情 |
开发者 |
Soumick Chatterjee博士 |
模型类型 |
PULASki 2D概率UNet,使用Fréchet inception距离(FID)损失函数进行训练 |
任务 |
7T MRA - ToF体积中的概率血管分割 |
训练数据集 |
7T MRA - ToF体积,详细信息见论文 https://arxiv.org/pdf/2312.15686 的第4.1节 |
模型来源
- 仓库地址:https://github.com/soumickmj/PULASki
- 论文地址:https://arxiv.org/abs/2312.15686
📄 许可证
本项目采用Apache-2.0许可证。
📖 引用
如果您在研究中使用了本方法,或使用了本仓库中的代码或权重,请在您的出版物中引用以下内容:
BibTeX:
@article{chatterjee2023pulaski,
title={PULASki: Learning inter-rater variability using statistical distances to improve probabilistic segmentation},
author={Chatterjee, Soumick and Gaidzik, Franziska and Sciarra, Alessandro and Mattern, Hendrik and Janiga, G{\'a}bor and Speck, Oliver and N{\"u}rnberger, Andreas and Pathiraja, Sahani},
journal={arXiv preprint arXiv:2312.15686},
year={2023}
}
APA:
Chatterjee, S., Gaidzik, F., Sciarra, A., Mattern, H., Janiga, G., Speck, O., Nuernberger, A., & Pathiraja, S. (2023). PULASki: Learning inter-rater variability using statistical distances to improve probabilistic segmentation. arXiv preprint arXiv:2312.15686.