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Pepmlm 650M

由 ChatterjeeLab 开发
首个仅依赖目标蛋白序列的线性肽段结合剂从头生成器
下载量 396
发布时间 : 9/27/2023

模型简介

PepMLM是一种基于目标蛋白序列条件的掩码语言建模技术,用于生成肽段结合剂。它通过创新性的掩码策略驱使ESM-2蛋白质语言模型重构结合区域,无需目标蛋白结构信息即可为任意靶标蛋白生成候选结合剂。

模型特点

无需结构信息
仅依赖目标蛋白序列即可生成肽段结合剂,无需目标蛋白结构信息
创新掩码策略
将同源肽段序列定位在目标蛋白序列末端的独特掩码策略
计算验证
通过AlphaFold-Multimer进行计算机模拟验证
实验验证
在细胞模型中实现了目标底物的内源性降解实验验证

模型能力

肽段结合剂生成
蛋白质序列分析
蛋白质-肽段相互作用预测

使用案例

生物医学研究
靶向蛋白质降解
生成与E3泛素连接酶结构域融合的肽段,用于靶向降解特定蛋白质
在细胞模型中实现了目标底物的内源性降解
药物发现
为任意靶标蛋白生成候选肽段结合剂
为下游可编程蛋白质组编辑应用提供工具
科研工具
蛋白质相互作用研究
研究蛋白质-肽段相互作用机制
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