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Dna2vec

roychowdhuryresearchによって開発
Transformerアーキテクチャに基づくDNA配列埋め込みモデル、配列アラインメントとゲノミクス応用をサポート
ダウンロード数 557
リリース時間 : 2/16/2025

モデル概要

DNA2Vecは革新的なDNA配列埋め込みモデルで、Transformerアーキテクチャを用いてDNA配列を共有ベクトル空間にマッピングし、効率的な類似性検索と配列アラインメントを実現します。

モデル特徴

リファレンスフリーゲノム埋め込み
参照ゲノムを必要としない革新的なDNA配列埋め込み技術を実現
コントラスト損失学習
自己教師ありコントラスト損失を用いて配列類似性学習のロバスト性を確保
デュアルバージョンサポート
Hugging Faceモデルとローカルトレーニングバージョンを同時提供
効率的なベクトル検索
DNAベクトルデータベースにより全ゲノムアラインメントを局所検索問題に変換

モデル能力

DNA配列ベクトル化
配列類似性計算
種間配列アラインメント
ゲノム変異検出

使用事例

ゲノミクス研究
配列アラインメント
シーケンシングリードを参照ゲノムと効率的にアラインメント
高品質リード回収率>99%
種間分析
異なる種間のDNA配列類似性を分析
水生好熱菌とドブネズミなどの種配列のアラインメントに成功
バイオインフォマティクスツール
変異検出
DNA配列中の挿入欠失変異を識別
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