Core Clinical Mortality Prediction

🚀 COReモデル - 臨床的死亡リスク予測

CORe（Clinical Outcome Representations）モデルは、論文Clinical Outcome Predictions from Admission Notes using Self-Supervised Knowledge Integrationで紹介されたものです。このモデルはBioBERTに基づいており、臨床ノート、疾患説明、医学論文などを用いて、特殊な「Clinical Outcome Pre-Training」の目的でさらに事前学習が行われています。

このモデルのチェックポイントは、死亡リスク予測タスクで微調整されています。このモデルは患者の入院記録を入力として受け取り、院内死亡の予測リスクを出力します。

🚀 クイックスタート

CORe死亡リスク予測の使い方

transformersライブラリを介してモデルをロードすることができます。

from transformers import AutoTokenizer, AutoModelForSequenceClassification
tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("bvanaken/CORe-clinical-mortality-prediction")
model = AutoModelForSequenceClassification.from_pretrained("bvanaken/CORe-clinical-mortality-prediction")

以下のコードは推論の例を示しています。

input = "CHIEF COMPLAINT: Headaches\n\nPRESENT ILLNESS: 58yo man w/ hx of hypertension, AFib on coumadin presented to ED with the worst headache of his life."

tokenized_input = tokenizer(input, return_tensors="pt")
output = model(**tokenized_input)

import torch
predictions = torch.softmax(output.logits.detach(), dim=1)
mortality_risk_prediction = predictions[0][1].item()

💻 使用例

基本的な使用法

from transformers import AutoTokenizer, AutoModelForSequenceClassification
tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("bvanaken/CORe-clinical-mortality-prediction")
model = AutoModelForSequenceClassification.from_pretrained("bvanaken/CORe-clinical-mortality-prediction")

高度な使用法

# 推論の例
input = "CHIEF COMPLAINT: Headaches\n\nPRESENT ILLNESS: 58yo man w/ hx of hypertension, AFib on coumadin presented to ED with the worst headache of his life."

tokenized_input = tokenizer(input, return_tensors="pt")
output = model(**tokenized_input)

import torch
predictions = torch.softmax(output.logits.detach(), dim=1)
mortality_risk_prediction = predictions[0][1].item()

📚 ドキュメント

COReに関するすべての詳細と連絡先情報については、CORe.app.datexis.comをご覧ください。

📄 ライセンス

@inproceedings{vanaken21,
  author    = {Betty van Aken and
               Jens-Michalis Papaioannou and
               Manuel Mayrdorfer and
               Klemens Budde and
               Felix A. Gers and
               Alexander Löser},
  title     = {Clinical Outcome Prediction from Admission Notes using Self-Supervised
               Knowledge Integration},
  booktitle = {Proceedings of the 16th Conference of the European Chapter of the
               Association for Computational Linguistics: Main Volume, {EACL} 2021,
               Online, April 19 - 23, 2021},
  publisher = {Association for Computational Linguistics},
  year      = {2021},
}